Creado Bajo el acuerdo del Consejo Superior Universitario número 124 del año 1966, como parte del Centro de Estudios, el Museo de Historia de la Medicina tiene como objeto la recuperación, estudio, conservación y puesta al servicio de la comunidad educativa las colecciones  procedentes del Hospital San Juan de Dios.

Conformado por seis colecciones el Museo de Historia de la Medicina se constituye como testimonio de los aportes de la Facultad de Medicina para la evolución de las prácticas médicas en el país. Igualmente, se destaca entre sus colecciones las Reproducciones Plásticas Dermatológicas, únicas en el país, encargadas por la Facultad de Medicina a los maestros Lisandro Moreno Parra y G. Restrepo para la enseñanza de la Dermatología.

En la actualidad el museo opera desde el Claustro de San Agustín, en donde se ubica en la reserva visitable, y la Facultad de Medicina de la sede Bogotá de la Universidad Nacional  de Colombia con diferentes exposiciones temporales y el Centro de Estudios de la Historia de la Medicina. (+).