El Museo de Arte de la Universidad Nacional de Colombia fue creado mediante el acuerdo número 68 del 26 de agosto de 1970.

Su primer director fue el profesor Germán Rubiano. Inició labores en febrero de 1971 en el edificio diseñado por los arquitectos Ignacio Gómez y Gonzalo Vidal en donde hoy funciona el Departamento de Filosofía. A partir de 1973, se trasladó a su sede actual, diseñada por los arquitectos Alberto Estrada y Elsa Mahecha, donde forma parte activa del complejo cultural universitario conformado por el Conservatorio de Música, el Auditorio León de Greiff y la Facultad de Artes.

Ha sido dirigido por los maestros Carlos Granada, María Elvira Iriarte, Marta Fajardo de Rueda, María Elena Bernal, María Victoria de Robayo, José Hernán Aguilar, María del Pilar López, Mariana Varela, Marta Combariza, William López, Santiago Rueda.

Ha presentado múltiples exposiciones temporales entre las que se destacan: Grabados de Rembrandt (1974), Dibujantes y grabadores colombianos (1975), Santiago Cárdenas 1956-1980 (1980), Ángel Lochkartt: momentos de trabajo, 20 años (1981), Arquitectura en Francia: modernismo y postmodernismo (1984), Encuentro de ceramistas contemporáneos de América Latina (1988), Beatriz González 1980-1990 (1990), Premios Nacionales de Colcultura (1996), 147 maestros: 120 años de la Escuela de Artes Plásticas (2006-2007) y Umberto Giangrandi: testimonio de vida, retrospectiva 1967-2007 (2007).